Další častou příčinou jsou špatné skladovací podmínky. Brambory potřebují k udržení zdraví stálé proudění vzduchu a stabilní teploty. Pokud jsou skladovány v příliš chladném prostředí, jako jsou lednice, nebo v prostorách s nedostatečným větráním, může se změnit vnitřní chemie. V extrémnějších případech může střed brambory výrazně ztmavnout v důsledku nedostatku kyslíku, což je stav, někdy označovaný jako černé srdce. Mírné formy tohoto procesu se projevují spíše jako kroužky nebo rozptýlené tmavé skvrny než jako úplná změna barvy.
Roli mohou hrát i teplotní výkyvy a přirozená oxidace. Stejně jako jablka po krájení hnědnou, i cévní tkáně uvnitř brambor mohou časem ztmavnout, když jsou vystaveny stresu nebo vzduchu. Tento proces je přirozený a nemusí nutně znamenat znehodnocení.
Ve většině případů jsou brambory s těmito vnitřními skvrnami stále bezpečné ke konzumaci, pokud normálně voní, jsou pevné na dotek a nevykazují žádné známky plísně nebo slizu. Ztmavené oblasti lze před vařením jednoduše odříznout. Pouze když brambory změknou, zapáchají, zezelenají nebo jsou silně zkažené, měly by být zcela vyřazeny.
